民國9年（西元1920年）9月

日台灣總督田鍵治郎氏將澎湖島廳改為郡，隸屬高雄州，郡設郡守，郡役所設兩課辦事，第一課辦理庶務行政，第二課掌理警務，郡下設街庄，辦理普通行政機關，另郡下之警察分室，係屬於警察業務系統，澎湖僅設望安分室一處，其餘地區警察業務由警察直轄。
 

民國15年（西元1926年）7月

澎湖改設廳，廳下設警務課負責警務，下設馬公、望安支廳，其所轄派出所如下：
直轄（南、啟明）警察官吏派出所：管轄馬公市啟明、重慶、中央、復興、新復、中興等七里。日治昭和12年名為『馬公南警官吏派出所』，廳舍與水上派出所合署辦公，派出所二樓、水上派出所一樓；嗣后，搬遷至仁愛、中正路口東南角（現二信西側），光復後再搬遷現址馬公市仁愛路。

埔仔尾（北、光復、光明）警察官吏派出所：管轄馬公市光明、光榮、重光、西衛、朝陽、陽明、光復等七里。日治昭和初期，廳舍位於新生路原晨安大飯店舊址名為『馬公警察官吏派出所』，于昭和13年（西元1939年）再遷至光復、民生路口（現玉山銀行澎湖分行）與分局合署辦公，名為『馬公北警察官吏派出所』，台灣光復後，於原址成立『光復派出所』，迨於民國40年間遷建至水源路現一信總社辦公，同時更名為『光明派出所』，民國50年初遷至中華、水源路口（勝國大飯店對面馬公市中路61號），民國76年01月01日遷建至現址馬公市新生路201 號。

水上警察官吏派出所：主管船舶出入港檢查業務，職掌包括警備、警邏及船舶臨檢。
文澳警察官吏派出所：管轄馬公市東文、西文、案山、前寮、石泉、菜園、光華等七里。
東衛警察官吏派出所：管轄馬公市東衛、安宅、興仁、烏崁等四里。
雞母塢警察官吏派出所：（五德、鎖港）：管轄馬公市鐵線、鎖港、山水、五德、時裡、井垵、風櫃等七里。
虎井警察官吏派出所：管轄馬公市虎井、桶盤里。
湖西警察官吏派出所：管轄湖西鄉湖西、湖東、南寮、北寮、白坑、青螺、西溪、紅羅等八村。
良文港警察官吏派出所（龍門）：管轄湖西鄉龍門、尖山、果葉三村。
隘門警察官吏派出所：管轄湖西鄉隘門、林投、太武、城北等四村。
沙港警察官吏派出所：管轄湖西鄉沙港、鼎灣、潭邊、許家、中西、成功、東石等七村。
大赤崁警察官吏派出所（白沙分駐所）：管轄白沙鄉赤崁、小赤、岐頭、瓦硐、鳥嶼、員貝等六村。
通樑警察官吏派出所：管轄白沙鄉通樑、後寮、大倉等三村。
港尾警察官吏派出所（講美）：管轄白沙鄉講美、城前、中屯、鎮海、港子等五村。
吉貝警察官吏派出所：管轄白沙鄉吉貝村。
小池角警察官吏派出所（西嶼分駐所）：管轄西嶼鄉池、池西、大池、二崁、赤馬等五村。
竹篙灣警察官吏派出所（竹灣）：管轄西嶼鄉竹灣、橫礁、合界、小門等四村。
外垵警察官吏派出所：管轄西嶼鄉內垵、外垵二村
 

民國36年（西元1947年）4月

縣政府警察科改為警察局，將原馬公、望安支廳改為警察所。
 

民國37年（西元1948年）3月

馬公警察所改為分局，分局設分局長1人、分局員2至3人，設5個組（行政、保安、司法、戶口、刑警）、下設4個分駐所（港口、湖西、白沙、西嶼）、14個派出所（啟明、光明、文澳、東衛、五德、虎井、隘門、龍門、沙港、講美、通樑、吉貝、竹灣、外垵）及交通班，派出所名稱異動如下：

• 馬公南警察官吏派出所改為啟明派出所
• 馬公北警察官吏派出所一度裁撤併入啟明派出所，後再恢復成立光復派出所、後再更名為光明派出所。
• 水上警察官吏派出所改為港口分駐所。
• 雞母塢警察官吏派出所改為五德派出所。
• 良文港警察官吏派出所改為龍門派出所。
• 大赤崁警察官吏派出所改為白沙分駐所。
• 港尾警察官吏派出所為講美派出所。
• 小池角警察官吏派出所改為西嶼分駐所。
• 竹篙灣警察官吏派出所改為竹灣派出所。
• 將原屬通樑派出所管轄之白沙鄉大倉村，改屬講美派出所管轄。
• 同時增設風櫃、桶盤、大倉、員貝、鳥嶼等5個駐在所。

 

民國42年（西元1953年）

增設西溪派出所管轄湖西鄉西溪、紅羅、成功、東石等4村。
 

民國42年（西元1953年）2月

成立警察局成立消防警察隊，下設之馬公分隊、湖西、白沙及西嶼小隊附屬馬公分局，民國83年（西元1994年）行政院頒訂「警消分立」政策，迨至民國88年（西元1999年）4月1日本縣始成立消防局，該等分、小隊歸屬消防局，警消正式分立。
 

民國56年（西元1967年）間

水上警察官吏派出所栽撤，警員併入啟明派出所。 
 

民國58年（西元1969年）7月1日

實施戶警合一制度，戶政事務所歸併警察局，馬公市戶政事務所主任兼任副分局長，民國81年（西元1992年）07月01日實施戶警分立，附屬分局之馬公市、湖西鄉、白沙鄉及西嶼鄉戶政事務所回歸縣政府民政局。
 

民國62年（西元1973年）

分局業務組由5組改為6組（行政、督察、刑事、戶口、保安、保防），分局員增至6人，各組設分局員乙人。下轄分駐所3個（湖西、白沙、西嶼）、派出所15個（啟明、光明、文澳、東衛、鎖港、虎井、隘門、龍門、西溪、沙港、講美、通樑、吉貝、竹灣、外垵）、駐所5個（桶盤、鳥嶼、員貝、大倉、風櫃）。
 

民國73年5月

奉台灣省政府核定分局設4組辦事，另增設勤務組，原分局員改稱組長，各組職掌如下：

• 第一組：掌理行政、交通、經濟、外事、總務、會計等事項。
• 第二組：掌理督察、保安、民防、人事事項。
• 第三組：掌理刑事、違警、拘留所等事項。
• 第四組：掌理保防、戶口、後備軍人名集、入出境管理事項。

各組均設組長一人，巡官、辦事、雇員若干人，勤務組除組長外並設置巡佐、警員三至七人。分駐所置所長一、巡佐、警員若干人；派出所除啟明、光明二所所長由巡官主持外，其各所所長由巡佐主持，全縣計設置警勤區97個（馬公分局83個、望安分局14個），當時分局員警總額為187人。
 

民國76年（西元1987年）7月15日

馬公分局自軍方接管55個漁港安檢站，其中馬公、湖西29個，白沙、西嶼鄉26個，迨至民國89年（西元2000年）2月15日全面移交海岸巡防署。
 

民國77年（西元1988年）1月1日

警察局成立交通警察隊，於民國94年（西元2005年）9月1日擴編，成立分、小隊，其中馬公分隊附屬馬公分局。
 

民國81年（西元1992年）07月01日

實施戶警分立，分局增設副分局長職務乙名、官等為警正三階，官階為二線二星。
 

民國82年（西元1993年）3月

成立白沙分局，將原屬馬公分局之白沙鄉、西嶼鄉共10個（2分駐、5派出、3駐在所）行政所、26個漁港安檢派出、駐在所劃歸管轄。
 

民國89年（西元2000年）12月01日

分局（屬乙種縣沿海分局）各組業務職掌調整如下：

• 第一組掌理行政、交通、戶口、外事鄉、會計等業務事項。
• 第二組掌理督察、訓練、人事等業務事項。
• 第三組掌理刑事、少年等業務事項。
• 第四組掌理保安、民防等業務事項。
• 第五組掌理資訊、秘書、公共關係、後勤等業務事項。
• 第六組掌理保防 、陸務等業務事項。

勤務指揮中心掌理勤務指揮、管制、聯絡等業務事項。
警備隊轄區巡邏及治安維護等事項。
 

民國91年（西元2002年）07月01日

分局（屬乙種縣沿海分局）各組業務調整如下： 
第一組掌理行政、戶口、外事、會計、秘書、公共關係、後勤等業務事項。
第五組掌理交通、資訊等業務事項。餘各組掌理業務事項不變。
 

民國92年（西元2003年）12月1日

分局長官等自警正二階提升為警正一階，屬五序列，官階由二線三星提升為二線四星。副分局長官等自警正三階提升為警正二階，屬六序列，官階由二線二星提升為二線三星。
 

民國92年（西元2003年）12月1日

組長、所長（組員兼）等官等自警正四階提升為警正三階，屬八序列，官階由原二線一星提升為二線二星。偵查員（一）、巡官等官等自警正四階提升為警正三階，屬九序列，官階由原一線四星提升為二線一星。巡佐、小隊長官等自警佐二階提升為警佐二階至警正四階，屬十序列，官階由原一線三星提升為一線四星。警員、偵查員（二）官等自警佐三階提升為警佐三階至警正四階，屬十一序列，官階由原一線二星提升為一線三星。
 

民國94年7月1日

刑事警察隊改為刑事警察大隊，其所屬偵查員（二）均改為偵查佐，官等自警佐三階至警正四階提升為警佐二階至警正四階，官階由原一線三星提升為一線四星。
 

民國94年（西元2005年）9月1日

分局（屬乙種縣沿海分局）各組業務調整如下：

• 第一組掌理行政、戶口、外事、會計、秘書、公共關係、後勤、庶務、陸務等事項。（設組長)
• 第二組掌理督察、訓練、人事、政風等業務事項。（設組長)
• 第三組掌理保安、民防、民防管制、保防等業務。（設組長）
• 第四組掌理交通、資訊等業務。（設組長）
• 勤務指揮中心掌理勤務指管、通訊、聯絡事宜。（設主任）
• 偵查隊掌理刑事、少年、婦幼、鑑識等業務。（設隊長、副隊長)
• 警備隊擔任機動警力及各項警力支援事項。（設隊長、副隊長）
• 交通分隊掌理交通秩序整理、違規取締及交通事故處理事項。（設分隊長、小隊長）

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  日治時期昭和初年，馬公支廳馬公警察官吏派出所，原址位於新生路晨安飯店，於昭和13年遷至民生、光復路口，更名為馬公北警察官吏派出所，台灣光復後改為光復派出所，於民國40年間改為光明派出所。（相片摘自懷古述舊話澎湖）

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  日治時間，昭和年間馬公支廳?母塢警察官吏派出所，台灣光復後，民國37年3月改名為五德派出所，民國71年7月更名為鎖港派出所。（相片摘自懷古述舊話澎湖）

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  民國61年5月至87年5月龍門派出所舊廳舍，原址位於現龍門候車站。

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  民國37年（西元1948年） 3月間警察局鑑於鎖港派出所轄管風櫃里位處偏遠，交通與通訊不便，乃成立駐在所由警勤區員警駐守，照片廳舍係於民國71年（西元1982年）改建，嗣後，因交通及通訊改善，乃於民國81年（西元1992年）5月7日裁併。

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  西溪派出所係於民國42年間始成立，所轄紅羅、西溪、成功及東石等村，日治時期分屬湖西分駐所及沙港派出所

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  民國95年元月間，警察局實施『派出所服務環境改造」，派出所外牆顏色改為米黃色牆白色柱，照片為東衛派出所。

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  該建築物原為消防隊廳舍，警消分立後，消防局另覓地興建，原址經整修後二樓為交通隊、三樓為分局辦公室，於民國94年（西元2005年）9月1日成立馬公交通分隊設於一樓。