民國37年以後，本局內部單位歷經調整如次： 
‧民國38年5月成立刑事警察隊。
‧民國42年2月成立消防警察隊。 
‧民國42年11月民防總隊裁撤，有關防護業務及人員併入警察局，成立
防護課，次年民防指揮部成立，防護課人員仍歸併民防機構。 
‧民國43年元月成立人事室。 
‧民國44年9月成立調查室；惟於民國48年調查室改稱為安全組， 直到
民國55年9月又改為安全室。 
‧民國44年第三(司法)課改稱為刑事課；民國48年第四(經濟)課裁併行政
課。 
‧民國58年8月設立戶政課。 
‧民國62年2月成立民防課，同年民防管制中心、船舶大隊及各戶政事務
所均納入警察局編制，安全室改稱保防室。 
‧民國63年刑事課併入刑事警察隊，再增設秘書室。 
‧民國73年主計室改稱為會計室。 
‧民國76年相繼成立交通警察隊、勤務指揮中心、安檢中心、訓練課 。
另民防課併保安課改為保安民防課。 
‧民國77年7月安檢中心改為安檢課；船舶大隊併入安檢課。
‧民國81年7月戶警分立後戶政課同時改為戶囗課；所屬鄉市戶政事務所
改隸縣政府。 
‧民國81年9月成立資訊室、外事課。 
‧民國82年3月成立白沙分局。  
‧民國86年2月任務編組成立少年警察隊。 
‧民國86年12月5日成立澎湖縣警察局救難隊。 
‧民國87年6月任務編組成立公共關係室。 
‧民國88年4月1日警消分立，消防警察隊改為消防局，並隸屬縣政府。 
‧民國89年2月16日安檢業務移撥海岸巡防署接管；原安檢警力回歸地
方治安工作。
‧民國89年7月1日正式成立公共關係室及少年警察隊，另為應業務需要
增置主任秘書一人。 
‧民國90年8月23日將 "安檢課" 更名為 "陸務課"。 
‧民國94年7月1日將「刑事警察隊」改置為「刑事警察大隊」；另增置
「鑑識課」及「婦幼警察隊」。 
‧民國96年7月1日配合澎湖縣政府辦理組編修編，本局機關稱銜正式更
名為「澎湖縣政府警察局」。
‧民國98年1月16日馬公分局文澳派出所新建廳舍落成啟用。 
‧民國100年7月1日配合辦理本局組織修編，所屬一級單位組設名稱
    原課、室修正為「科」，並裁撤陸務課；另人事、會計等單位名稱，
    仍依各該專屬法律規定維持「室」之名稱設置。
-民國103年4月25日將「保安民防科」改置為「保安科」，「戶口科」
改置為「防治科」；另增置「法制科」及「政風室」。
‧民國104年3月1日白沙分局「白沙派出所鳥嶼駐在所」改制為「鳥嶼派出所」。
‧民國104年7月22日馬公分局啟明派出所新建廳舍落成啟用。
‧民國110年5月13日馬公分局虎井派出所新建廳舍落成啟用。
‧民國113年1月31日馬公分局鎖港派出所新建廳舍落成啟用。
‧民國113年10月1日望安分局「嶼坪派出所」改制為「東垵派出所嶼坪駐在所」。